宋、金、元三刻《道藏》，但都没有流传下来；清代没有刻过全藏；因此，明代《正统道藏》和《万历续道藏》，就是今天我们能够看到的《道藏》全书的惟一传本。
明成祖朱棣登基不久，即敕命第四十三代天师张宇初纂校道书，刊行道藏以传，并一再催办。他还特别恩准张宇初“可早晚进来，通类刊版”。张宇初既要编修道藏，又要主持教务，还写了《道门十规》，作为天下道士的行为准则。他提出“夫天地之大，以太虚为体”的道教理论，以“虚”、“静”、“无为”作为修养根本。永乐八年(1410)，张宇初羽化，明成祖又诏令其弟四十四代天师张宇清继续主持编修。这项工程一直干到永乐二十二年(1424)，有涂省躬等学者参加，但因成祖崩而未能完成。直到20年后的正统九年(1444)，明英宗朱祁镇下诏，让道士邵以正主持督校，喻道纯、汤希文等学者参与，对张宇初、张宇清等人编修的道藏重加订正，增其遗逸。对所收的道书都加以重新分卷，如原来是短卷的，就将几卷并为一卷。正统九年(1445)，全藏刊版完成。这就是《正统道藏》，系梵夹装，共5305卷，以“三洞”、“四辅”、“十二类”编类。全藏以《千字文》为函目序号，装成480函，始于“天”字，终于“英”字。然而，有不少道书(如《永乐大典》第911卷的《洞玄灵宝灭度五炼生尸经》和《大帝制魂伐尸法》，第1310卷的《灵宝钟罄威仪经》和《灵宝三元威仪经》)，未被《道藏》收入。圆明园劫后余存的《永乐大典》，只有原书22877卷的3.48%，居然从中也辑出了好些《正统道藏》失收的道教文献!
《正统道藏》在编纂过程中，由于主持人变换，时间上又断断续续，搜集道书不甚完备，因而存在明显的缺漏。万历三十五年(1607)，明神宗朱翊钧下旨，敕令第五十代天师张国祥编刊《道藏》的续集；他还下旨，将驸马都尉谢公诏的女儿许配给张国祥为妻。张国祥不敢怠慢，立即行动，四出搜访，寻找《正统道藏》缺收的道书，以及正统年代以后的道教著作，编纂校订了一部《道藏》续集。这就是《万历续道藏》，共180卷。全藏亦以《千字文》为函目序号，装成32函，始于“杜”字，终于“缨”字。
《正统道藏》和《万历续道藏》的经板传到清代，缺损已经十分严重。光绪二十六年(1900)，八国联军侵华，攻占了北京后，烧杀掳掠，焚毁了正、续《道藏》的全部经板。
明、清两代，朝廷将《正统道藏》和《万历续道藏》赐于不少道观，但经过多次兵燹，留存下来的已经颇为稀少了。相比之下，北京白云观的藏本较为完整，而且在道光二十五年(1845)，由羽士郑永祥募金补抄(见《白云观重修〈道藏〉记》)，所以缺佚不多。
1923年10月至1926年4月，商务印书馆在上海以“涵芬楼”的名义，据北京白云观所藏《正统道藏》、《万历续道藏》影印，每梵本2页拼为1页，缩小为6开小本。这个本子俗称“小道藏”，共收入图书1476种，计有5485卷，装订成1120册。但这时的北京白云观藏本，已经残缺了98页，涵芬楼在影印时未曾觅补。
1957年，台湾中华道教会发起用涵芬楼影印本重印《正统道藏》和《万历续道藏》，直至1977年由台湾艺文印书馆出版。此为32开本，精装60册，另附目录索引1册。原本残缺各项也未曾觅补，但增辑了明、清以来散佚的15种道书。
1977年，台湾新文丰出版公司亦用涵芬楼影印本重印《正统道藏》和《万历续道藏》。此为16开本，精装60册，另附总目录1册。原本残缺各页也未曾觅补。
1988年，文物出版社、上海书店出版社、天津古籍出版社三家联手，又据涵芬楼影印本重印《正统道藏》和《万历续道藏》，将涵芬楼本9页拼成1页，缩小为16开本，精装36册，另附《道藏索引》1册。原本残缺各页，经用瞿凤起先生查点清楚的表册，借用现藏上海图书馆的上海白云观旧藏本补足，以成完璧。所补部分，计有1700余行，还修描补缺损字500余个，纠正错简17处。此外，还附印明代白云霁撰《道藏目录详注》，用上海图书馆藏缪荃孙旧藏清刻本影印。缪荃孙藏本胜于《四库全书》本，因后者不仅缺《道教宗源》、《凡例》、《道藏总目》三篇，而且内容、注文也有短缺之处。
《道藏》卷帙浩繁，不仅集道教文献之大成，据元代《道藏尊经历代纲目》的说法，它还收有儒书、医书、阴阳、卜筮、诸子百家等著作。它是中华传统文化的荟萃，是古人留下的一笔文化遗产。
对于《道藏》大量收录群书，儒、释两方面都曾进行过非议和讥讽。《四库全书总目提要》在《道藏目录详注》的提要中，就对此大加攻击。对《道藏》是褒也好，是贬也好，只有在充分了解它的前提下才有发言权。而要了解《道藏》，首先便要有查检它的工具书。明末以来，不少学者为此而作出了努力。
明朝后期，白云霁编写了《道藏目录详注》4卷，并有一些题解，对读者了解《道藏》很有帮助，因此而被收入《四库全书》。它虽然对了解各种道书有些用处，但毕竟只是目录的体裁，检用的功能十分有限，而且还有好些遗漏和错误。《道藏目录详注》的最佳版本，当为上海图书馆藏缪荃孙旧藏清刻本，即文物出版社、上海书店出版社、天津古籍出版社附于《道藏》之后据以影印的底本。此外，还有一个清刻本，版式与缪荃孙旧藏本相似，但作者的姓名却被篡改为“辽左李杰”。显然，这是假冒的，侵犯了白云霁的署名权。
1989年，上海社会科学院宗教研究所所长陈耀庭先生在访法讲学期间，得到施舟人先生的慨允，无偿利用《道藏通检》的原编成果，改编成一本可以检索五种版本《道藏》的工具书。1996年10月，署作“(法)施舟人原编，(中)陈耀庭改编”的《道藏索引》，由上海书店出版社出版。在改编过程中，陈耀庭先生将施舟人《道藏通检》、翁独健《道藏子目引得》、任继愈《道藏提要》、白云霁《道藏目录详注》以及文物出版社、上海书店出版社、天津古籍出版社三家联合出版的《正统道藏》和《万历续道藏》(世称“三家本”)的目录等，作过详细的比较对照，发现各种目录的子目，内容大同小异，数量颇为接近。例如，施舟人《道藏通检》的子目有1477条，翁独健《道藏子目引得》的子目有1476条，任继愈《道藏提要》的子目有1473条，三家本的子目有1500条。上述各书的子目基本相同，因为角度不同而略有差异。应该指出，“三家本”的目录也有方便读者的举措，例如对于《修真十书》的子目设计，区分为“修真十书杂著指玄篇八卷”、“修真十书金丹大成集五卷”等子目12条，使读者对《修真十书》的内容一目了然。只是因为技术上的困难，改编者才未能将“三家本”这一独到的子目设计成果吸收到本索引中来。
《道藏索引》包括《道藏子目索引》和《五种版本道藏经书子目联合目录》两大部分。《五种版本道藏经书子目联合目录》中的经书顺序，按明代《正统道藏》和《万历续道藏》经夹本先后排列。各部经书的顺序编号，采用施舟人《道藏通检》的目录编号。为了便于熟悉翁独健《道藏子目引得》编号的读者使用，后附有两种编号的对照表。《五种版本道藏经书子目联合目录》中，每种经书作为一个条目，内容包括顺序编号、经书名称、卷数、编著者以及该经书在五种版本《道藏》的册数(明经夹本著录的是千字文编号，其他四种版本著录的均是册数，其版本代号是：涵芬楼本为“涵”，艺文本为“艺”，新文丰本为“新”，三家本为“三”)。《道藏子目索引》按“逐字索引法”(Concodance)编制，每种经书名称的每个字都能检索。例如：《玄女经》可分别从“玄”、“女”、“经”三字检索，《易筮通变》可分别从“易”、“筮”、“通”、“变”四字检索。检索按笔画顺序排列(另附《道藏子目索引部首检字》和《道藏子目索引音序检字》)，著录了该种经书在《五种版本道藏经书子目联合目录》中的编号以及三家本的册、页数。